BEGIN:VCALENDAR VERSION:2.0 PRODID:-//wp-events-plugin.com//7.4.3//EN TZID:Europe/Paris X-WR-TIMEZONE:Europe/Paris BEGIN:VEVENT UID:0-135@lisn.upsaclay.fr DTSTART;TZID=Europe/Paris:20231023T140000 DTEND;TZID=Europe/Paris:20231023T170000 DTSTAMP:20231010T093619Z URL:https://www.lisn.upsaclay.fr/evenements/pipelines-danalyse-bioinformat iques-solutions-offertes-par-les-systemes-de-workflows-cadre-de-representa tion-et-etude-de-la-reutilisation/ SUMMARY:Pipelines d'Analyse Bioinformatiques : solutions offertes par les s ystèmes de workflows\, cadre de représentation et étude de la réutilis ation DESCRIPTION:La bioinformatique est un domaine multidisciplinaire qui combin e biologie\, informatique et statistiques\, permettant de mieux comprendre les mécanismes du vivant. Son fondement repose essentiellement sur l'ana lyse des données biologiques. L'émergence de nouvelles technologies\, en particulier les avancées majeures dans le domaine du séquençage\, a en traîné une croissance exponentielle des données\, posant de nouveaux d éfis en matière d'analyse et de gestion des données. Pour exploiter ces données\, des pipelines sont utilisés\, enchaînant des outils et des p rocessus informatiques pour conduire les analyses de manière fiable et ef ficace. Cependant\, la crise de la reproductibilité dans la recherche sci entifique souligne la nécessité de rendre les analyses reproductibles et réutilisables par des tiers. Les systèmes de workflows scientifiques on t émergé comme une solution pour rendre les pipelines plus structurés\, compréhensibles et reproductibles. Les workflows décrivent des procédu res en plusieurs étapes coordonnant des tâches et leurs dépendances de données. Ces systèmes aident les bioinformaticiens à concevoir et exéc uter des workflows\, et facilitent leur partage et réutilisation. En bioi nformatique\, les systèmes de workflows les plus populaires sont Galaxy\, Snakemake\, et Nextflow. Cependant\, la réutilisation des workflows fait face à des difficultés\, notamment l'hétérogénéité des systèmes d e workflows\, le manque d'accessibilité des workflows et le besoin de bas es de données publiques de workflows. De plus\, l'indexation et le dével oppement de moteurs de recherche de workflows sont nécessaires pour facil iter la recherche et la réutilisation des workflows. Dans un premier temp s\, nous avons développé une méthode d'analyse des spécifications de w orkflows afin d'extraire plusieurs caractéristiques représentatives à p artir d'un ensemble de données de workflows. Notre objectif était de pro poser un cadre standard pour leur représentation\, indépendamment de leu r langage de spécification. Dans un second temps\, nous avons sélectionn é un ensemble de caractéristiques de ces workflows et les avons indexée s dans une base de données relationnelle\, puis dans un format structuré sémantique. Enfin\, nous avons mis en place une approche pour détecter les similarités entre les workflows et les processeurs\, permettant ainsi d'observer les pratiques de réutilisation adoptées par les développeur s de workflows.\nJury\nRapporteurs :\nOlivier Dameron\, PR\, Université d e Rennes\, Irisa\nPierre Poulain\, MdC HDR\, Université Paris cité\, ins titut Jacques Monod\nExaminateurs :\nCaroline Appert\, DR CNRS\, Universit é Paris-saclay\, LISN\nBruno Crémilleux\, PR\, Université de Caen\, GRE YC\nMarie-Dominique Devignes\, CR CNRS\, Loria\nEncadrants :\nSarah Cohen- Boulakia\, PR\, Université Paris-Saclay\, LISN\nAlban Gaignard\, IR\, CNR S\, Université de Nantes\, ITX CATEGORIES:Science des Données,Thèses et HDR LOCATION:LISN Site Plaine – Digitéo\, 1 rue René THOM 91190 Gif-sur -Yvette\, France X-APPLE-STRUCTURED-LOCATION;VALUE=URI;X-ADDRESS=1 rue René THOM 91190 Gif- sur-Yvette\, France;X-APPLE-RADIUS=100;X-TITLE=LISN Site Plaine – Digit éo:geo:0,0 END:VEVENT BEGIN:VTIMEZONE TZID:Europe/Paris X-LIC-LOCATION:Europe/Paris BEGIN:DAYLIGHT DTSTART:20230326T030000 TZOFFSETFROM:+0100 TZOFFSETTO:+0200 TZNAME:CEST END:DAYLIGHT END:VTIMEZONE END:VCALENDAR