BEGIN:VCALENDAR VERSION:2.0 PRODID:-//wp-events-plugin.com//7.4.1//EN TZID:Europe/Paris X-WR-TIMEZONE:Europe/Paris BEGIN:VEVENT UID:0-62@lisn.upsaclay.fr DTSTART;TZID=Europe/Paris:20221010T143000 DTEND;TZID=Europe/Paris:20221010T173000 DTSTAMP:20221007T150946Z URL:https://www.lisn.upsaclay.fr/evenements/soutenance-de-coline-gianfrott a/ SUMMARY:Soutenance de Coline Gianfrotta DESCRIPTION:La soutenance aura lieu le lundi 10 octobre à 14h30\, à l'UFR des Sciences de l'UVSQ (45\, avenue des Etats-Unis\, 78000\, Versailles)\ , au 3e étage du bâtiment Descartes (salle 301).\nJury\nChristine GASPIN \, Directrice de recherche\, INRAE-MIAT\, Castanet-Tolosan - RapportriceGu illaume FERTIN\, Professeur\, LS2N\, Université de Nantes - RapporteurAle ssandra CARBONE\, Professeure\, LGQB\, Sorbonne Université - Examinatrice Sarah COHEN-BOULAKIA\, Professeure\, LISN\, Université Paris-Saclay - Exa minatriceDominique BARTH\, Professeur\, DAVID\, UVSQ\, Université Paris-S aclay - Directeur de thèseAlain DENISE\, Professeur\, LISN &\; I2BC\, Université Paris-Saclay - Co-encadrant\, membre invitéVladimir REINHARZ\ , Professeur\, Department of Computer Science\, Université du Québec à Montréal - Membre invité\nRésumé\nLes molécules d'ARN sont des moléc ules biologiques impliquées dans de nombreuses fonctions au sein de la ce llule\, allant de la régulation de l'expression génétique\, à la prote ction de la cellule. La fonction qu'assure une molécule d'ARN est intrins èquement liée à la structure tridimensionnelle qu'adopte cette molécul e dans l'espace. Cependant\, la structure tridimensionnelle d'une molécul e d'ARN est difficile à obtenir. C'est pourquoi l'un des enjeux liés à l'étude de ces molécules est d'être capable de prédire la structure tr idimensionnelle à partir d'informations telles que la séquence en nuclé otides. Dans cette thèse\, nous étudions le contexte structural de motif s structuraux d’ARN dans le but de progresser vers leur prédiction. Les motifs structuraux d'ARN sont des sous-structures apparaissant de manièr e récurrente dans les structures d'ARN\, et certains d'entre eux sont imp ossibles à prédire actuellement. Nous modélisons par des graphes le con texte structural topologique de ces motifs\, et comparons les contextes de s différentes occurrences en utilisant plusieurs algorithmes de graphes. Nous classifions ensuite les occurrences de motif selon leurs similarités de contexte topologique et selon leurs similarités de contexte 3D\, à l ’aide d’un algorithme de clustering recouvrant. Dans un premier temps\ , nous montrons sur un jeu de données de trois motifs structuraux que les similarités observées entre les contextes topologiques sont cohérentes avec les similarités entre les contextes 3D. Cela indique que le context e topologique peut être suffisant pour déterminer le contexte 3D pour ce s trois motifs. Dans un deuxième temps\, nous étudions plusieurs classif ications d’occurrences du motif A-minor de type I/II\, selon des similar ités de contexte 3D. Nous y observons que des similarités de contexte 3D existent entre occurrences non homologues\, ce qui pourrait être le sign e d’un phénomène de convergence évolutive. De plus\, nous observons q ue certaines parties du contexte 3D semblent mieux conservées que d’aut res entre occurrences non homologues. Dans un troisième temps\, nous étu dions la capacité de prédiction du contexte topologique commun à des oc currences de motif A-minor\, partageant des contextes 3D similaires\, ains i que la capacité de prédiction d'un signal de séquence sur ces mêmes occurrences. Pour cela\, nous étudions la fréquence d'apparition de cett e topologie et de ces séquences dans des structures d'ARN en l'absence de motifs A-minor. Nous en concluons que la topologie et la séquence associ ées représentent un bon signal pour la majorité des classes d'occurrenc es homologues étudiées. ATTACH;FMTTYPE=image/jpeg:https://www.lisn.upsaclay.fr/app/uploads/2022/10 /Gianfrotta.jpg CATEGORIES:Thèses et HDR LOCATION:France X-APPLE-STRUCTURED-LOCATION;VALUE=URI;X-ADDRESS=France;X-APPLE-RADIUS=100;X -TITLE=:geo:0,0 END:VEVENT BEGIN:VTIMEZONE TZID:Europe/Paris X-LIC-LOCATION:Europe/Paris BEGIN:DAYLIGHT DTSTART:20220327T030000 TZOFFSETFROM:+0100 TZOFFSETTO:+0200 TZNAME:CEST END:DAYLIGHT END:VTIMEZONE END:VCALENDAR