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Recent publications
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Thèse
Hugues Mandon. Algorithmes pour la prédiction de stratégies de reprogrammation cellulaire dans les réseaux Booléens.. Algorithme et structure de données [cs.DS]. Université Paris Saclay (COmUE), 2019. Français. ⟨NNT : 2019SACLN060⟩. ⟨tel-02513383v2⟩
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Thèse
Marine Djaffardjy. Pipelines d’Analyse Bioinformatiques : solutions offertes par les Systèmes de Workflows, Cadre de représentation et Étude de la Réutilisation. Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Paris-Saclay, 2023. Français. ⟨NNT : 2023UPASG059⟩. ⟨tel-04496191⟩
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Thèse
Jérémy Guez. Cultural transmission of reproductive success: Causal mechanisms, genetic consequences, and machine-learning-based inference. Populations and Evolution [q-bio.PE]. Muséum national d’histoire naturelle, 2023. English. ⟨NNT : ⟩. ⟨tel-04482448⟩
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Poster de conférence
Coline Gianfrotta, Vladimir Reinharz, Olivier Lespinet, Dominique Barth, Alain Denise. A graph-based approach to classify A-minor motifs in RNA structures according to their structural context. ISMB: Intelligent Systems for Molecular Biology, Jul 2020, Virtual conference (Covid), Canada. ⟨hal-04469616⟩
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Article dans une revue
Daniel Etiemble, Ramzi Jaber. Design of (3,2) and (4,2) CNTFET Ternary Counters for Multipliers. Asian Journal of Research in Computer Science, 2023, 16 (3), pp.103-118. ⟨10.9734/ajrcos/2023/v16i3349⟩. ⟨hal-04465608⟩
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Thèse
Alexandra Zaharia. Mining conserved neighborhood patterns in metabolic and genomic contexts. Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Paris Saclay (COmUE), 2018. English. ⟨NNT : 2018SACLS275⟩. ⟨tel-01933663v2⟩
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Thèse
Karima Rafes. Le Linked Data à l’université : la plateforme LinkedWiki. Web. Université Paris Saclay (COmUE), 2019. Français. ⟨NNT : 2019SACLS032⟩. ⟨tel-02003672⟩
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Poster de conférence
Coline Gianfrotta, Vladimir Reinharz, Olivier Lespinet, Dominique Barth, Alain Denise. A graph-based approach to classify A-minor motifs in RNA structures according to their structural context. JOBIM 2020, Jun 2020, Montpellier, France. JOBIM 2020 Poster Proceedings, pp.34, 2020. ⟨hal-04469625⟩
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Thèse
Cecile Moulin. Analyse des voies métaboliques au cours du cycle cellulaire : application au métabolisme du cancer. Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]. Université Paris-Saclay, 2020. Français. ⟨NNT : 2020UPASG022⟩. ⟨tel-03164566⟩
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Communication dans un congrès
Coline Gianfrotta, Vladimir Reinharz, Dominique Barth, Alain Denise. A Graph-based Similarity Approach to Classify Recurrent Complex Motifs from their Context in RNA Structures. JOBIM 2021, Jul 2021, Institut Pasteur (Paris), France. pp.15. ⟨hal-04469623⟩
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Thèse
Coline Gianfrotta. Modélisation, analyse et classification de motifs structuraux d’ARN à partir de leur contexte, par des méthodes d’algorithmique de graphes. Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Paris-Saclay, 2022. Français. ⟨NNT : 2022UPASG056⟩. ⟨tel-03867018⟩
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Communication dans un congrès
Karima Rafes, Sarah Cohen-Boulakia, Serge Abiteboul. Une autocomplétion générique de SPARQL dans un contexte multi-services. BDA 2017 – 33ème conférence sur la «Gestion de Données — Principes, Technologies et Applications», Nov 2017, Nancy, France. ⟨hal-01627760⟩
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Article dans une revue
Christophe Pradal, Sarah Cohen-Boulakia, Gaëtan Heidsieck, Esther Pacitti, Francois Tardieu, et al.. Distributed Management of Scientific Workflows for High-Throughput Plant Phenotyping. ERCIM News, 2018, Smart Farming, pp.36-37. ⟨hal-01948568⟩
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Article dans une revue
Benoît Laflaquière, Gabrielle Leclercq, Chandarong Choey, Jingkui Chen, Sabine Pérès, et al.. Identifying Biomarkers of Wharton’s Jelly Mesenchymal Stromal Cells Using a Dynamic Metabolic Model: The Cell Passage Effect. Metabolites, 2018, 8 (1), pp.18. ⟨10.3390/metabo8010018⟩. ⟨hal-01784012⟩
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Article dans une revue
Nika Abdollahi, Alexandre Albani, Eric Anthony, Agnes Baud, Mélissa Cardon, et al.. Meet-U: educating through research immersion. PLoS Computational Biology, 2018, 14 (3), pp.1-10. ⟨10.1371/journal.pcbi.1005992⟩. ⟨hal-01722019⟩
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Pré-publication, Document de travail
Flora Jay, Simon Boitard, Frédéric Austerlitz. An ABC method for whole-genome sequence data: inferring paleolithic and neolithic human expansions. 2018. ⟨hal-01896856⟩
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Communication dans un congrès
Karima Rafes, Serge Abiteboul, Sarah Cohen-Boulakia, Bastien Rance. Designing scientific SPARQL queries using autocompletion by snippets. 14th IEEE International Conference on eScience, Oct 2018, Amsterdam, Netherlands. ⟨hal-01874780v2⟩
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Communication dans un congrès, Communication dans un congrès
Cecile Moulin, Laurent Tournier, Sabine Pérès. Using a hybrid approach to model central carbon metabolism across the cell cycle. International Workshop on Hybrid Systems Biology, Apr 2019, Prague, Czech Republic. ⟨10.1007/978-3-030-28042-0_9⟩. ⟨hal-02791386⟩
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Article dans une revue
Flora Jay, Simon Boitard, Frédéric Austerlitz. An ABC Method for Whole-Genome Sequence Data: Inferring Paleolithic and Neolithic Human Expansions. Molecular Biology and Evolution, 2019, 36 (7), pp.1565-1579. ⟨10.1093/molbev/msz038⟩. ⟨hal-02274331⟩
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Article dans une revue
Isabelle Boutron, Anna Chaimani, Joerg Meerpohl, Asbjørn Hróbjartsson, Declan Devane, et al.. The COVID-NMA Project: Building an Evidence Ecosystem for the COVID-19 Pandemic. Annals of Internal Medicine, 2020, pp.M20-5261. ⟨10.7326/M20-5261⟩. ⟨inserm-02984886⟩
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Article dans une revue
Jorgelindo da Veiga Moreira, Mario Jolicoeur, Laurent Schwartz, Sabine Peres. Fine-tuning mitochondrial activity in Yarrowia lipolytica for citrate overproduction. Scientific Reports, 2021, 11 (1), ⟨10.1038/s41598-020-79577-4⟩. ⟨hal-03209507⟩
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Communication dans un congrès
Jiayi Cai, Pierre-Emmanuel Angeli, Jean-Marc Martinez, Guillaume Damblin, Didier Lucor. Reynolds Stress Anisotropy Tensor Predictions using Neural Networks. CFC2023 Cannes, Apr 2023, Cannes, France. ⟨hal-04460077⟩
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Pré-publication, Document de travail
Frédérique Bassino, Mathilde Bouvel, Valentin Féray, Lucas Gerin, Adeline Pierrot. Dense and nondense limits for uniform random intersection graphs. 2024. ⟨hal-04456866⟩
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Article dans une revue
Alexis Courbet, Patrick Amar, François Fages, Eric Renard, Franck Molina. Computer‐aided biochemical programming of synthetic microreactors as diagnostic devices. Molecular Systems Biology, 2018, 14 (4), ⟨10.15252/msb.20177845⟩. ⟨hal-01779791⟩