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Publications

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Dernières publications

  • Communication dans un congrès

    Léa Guyon, Jérémy Guez, Evelyne Heyer, Raphaëlle Chaix. Modeling the influence of human social organizations on genetic diversity. RTP Evolutionary human sciences 2021, French Society for Evolutionary Human Sciences, Nov 2021, Montpellier, France. ⟨hal-03972083⟩

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    Année de publication 2021

  • Poster de conférence

    Ferdinand Petit, Jérémy Guez, Fanny Pouyet, Evelyne Heyer, Bruno Toupance, et al.. Impact of Cultural Transmission of Reproductive Success on whole-genome data: simulation study and ABC inference. Probabilistic Modelling in Genomics 2022, Mar 2022, Oxford, United Kingdom. ⟨hal-03970627⟩

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    Année de publication 2022

  • Communication dans un congrès

    Ferdinand Petit, Jérémy Guez, Fanny Pouyet, Bruno Toupance, Evelyne Heyer, et al.. Topological comparison of coalescent tree inference tools.. Congress of the European Society for Evolutionary Biology, Aug 2022, Prague (Czech Republic), Czech Republic. ⟨hal-03970653⟩

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    Année de publication 2022

  • Poster de conférence

    Arnaud Quelin, Jérémy Guez, Ferdinand Petit, Flora Jay, Frédéric Austerlitz. Inference of the Cultural Transmission of Reproductive Success from human genomic data: ABC and machine learning methods. 2023 Alphy & AIEM Joint Meeting, Jan 2023, Grenoble, France. ⟨hal-03960408⟩

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    Année de publication 2023

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  • Thèse

    Stéphanie Chevalier. Inférence logique de réseaux booléens à partir de connaissances et d'observations de processus de différenciation cellulaire. Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Paris-Saclay, 2022. Français. ⟨NNT : 2022UPASG061⟩. ⟨tel-03917566⟩

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    Année de publication 2022

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  • Article dans une revue

    Coline Gianfrotta, Vladimir Reinharz, Olivier Lespinet, Dominique Barth, Alain Denise. On the predictibility of A-minor motifs from their local contexts. RNA Biology, 2022, 19 (1), pp.1208-1227. ⟨10.1080/15476286.2022.2144611⟩. ⟨hal-03864666⟩

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    Année de publication 2022

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  • Article dans une revue

    Harshad Ugamraj, Kevin Dang, Laure-Hélène Ouisse, Benjamin Buelow, Eduardo Chini, et al.. TNB-738, a biparatopic antibody, boosts intracellular NAD+ by inhibiting CD38 ecto-enzyme activity. mAbs, Taylor & Francis, 2022, 14 (1), ⟨10.1080/19420862.2022.2095949⟩. ⟨hal-03684683⟩

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    Année de publication 2022

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  • Pré-publication, Document de travail

    Apolline Petit, Jeremy Guez, Arnaud Le Rouzic. Correlated stabilizing selection shapes the topology of gene regulatory networks. 2022. ⟨hal-03813178⟩

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    Année de publication 2022

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  • Pré-publication, Document de travail

    Frédérique Bassino, Mathilde Bouvel, Valentin Féray, Lucas Gerin, Adeline Pierrot. Scaling limit of graph classes through split decomposition. 2022. ⟨hal-03797906⟩

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    Année de publication 2022

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  • Direction d'ouvrage, Proceedings, Dossier

    Loïc Paulevé, Nathalie Théret. 6th International Workshop on Static Analysis and Systems Biology (SASB 2015) . Loïc Paulevé; Nathalie Theret. SASB, Sep 2015, Saint-Malo, France. 326, Elsevier, pp.88, 2016, Electronic Notes in Theoretical Computer Science. ⟨hal-01385704⟩

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    Année de publication 2016

  • Communication dans un congrès

    Alexandra Zaharia, Bernard Labedan, Christine Froidevaux, Alain Denise. Heterogeneous Graph Mining for Biological Pattern Discovery in Metabolic Pathways. SeqBio 2016, Nov 2016, Nantes, France. ⟨hal-01745390⟩

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    Année de publication 2016

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  • Communication dans un congrès

    Juraj Kolčák, David Šafránek, Stefan Haar, Loïc Paulevé. Unfolding of Parametric Boolean Networks. 7th International Workshop on Static Analysis and Systems Biology (SASB 2016), Sep 2016, Edimbourg, United Kingdom. pp.67-90, ⟨10.1016/j.entcs.2018.03.009⟩. ⟨hal-01354109v2⟩

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    Année de publication 2016

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  • Article dans une revue

    Lirong Huang, Loïc Paulevé, Christoph Zechner, Michael Unger, Anders S. Hansen, et al.. Reconstructing dynamic molecular states from single-cell time series. Journal of the Royal Society Interface, the Royal Society, 2016, 13 (122), ⟨10.1098/rsif.2016.0533⟩. ⟨hal-01362502⟩

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    Année de publication 2016

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  • Article dans une revue

    Frédérique Bassino, Mathilde Bouvel, Adeline Pierrot, Carine Pivoteau, Dominique Rossin. An algorithm computing combinatorial specifications of permutation classes. Discrete Applied Mathematics, Elsevier, 2017, 224, pp.16-44. ⟨10.1016/j.dam.2017.02.013⟩. ⟨hal-01175234⟩

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    Année de publication 2017

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  • Article dans une revue

    Sabine Pérès, Mario Jolicœur, Cécile Moulin, Philippe Dague, Stefan Schuster. How important is thermodynamics for identifying elementary flux modes?. PLoS ONE, Public Library of Science, 2017, 12 (2), ⟨10.1371/journal.pone.0171440⟩. ⟨hal-01709642⟩

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    Année de publication 2017

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  • Article dans une revue

    Adeline Pierrot, Dominique Rossin. 2-Stack Sorting is Polynomial. Theory of Computing Systems, Springer Verlag, 2017, 60 (3), pp.552 – 579. ⟨10.1007/s00224-016-9743-8⟩. ⟨hal-01758837⟩

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    Année de publication 2017

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  • Communication dans un congrès

    Sabine Pérès, Philippe Dague, Mario Jolicœur, Stefan Schuster. Computing EFMs consistent with equilibrium constants. Metabolic Pathway Analysis MPA 2017, Jul 2017, Bozeman, United States. ⟨hal-01676892⟩

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    Année de publication 2017

  • Autre publication

    Loïc Paulevé, Philippe Dague. Journées BIOSS-IA 2017. 2017. ⟨hal-01666094⟩

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    Année de publication 2017

  • Article dans une revue

    Michael Martin, Flora Jay, Sergi Castellano, Montgomery Slatkin. Determination of genetic relatedness from low-coverage human genome sequences using pedigree simulations. Molecular Ecology, Wiley, 2017, 26 (16), pp.4145 – 4157. ⟨10.1111/mec.14188⟩. ⟨hal-01676698⟩

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    Année de publication 2017

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  • Communication dans un congrès

    Thomas Chatain, Loïc Paulevé. Goal-Driven Unfolding of Petri Nets. 28th International Conference on Concurrency Theory (CONCUR 2017), Sep 2017, Berlin, Germany. ⟨10.4230/LIPIcs.CONCUR.2017.14⟩. ⟨hal-01392203v2⟩

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    Année de publication 2017

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  • Communication dans un congrès

    Hugues Mandon, Stefan Haar, Loïc Paulevé. Temporal Reprogramming of Boolean Networks. CMSB 2017 – 15th conference on Computational Methods for Systems Biology, Sep 2017, Darmstadt, Germany. pp.179 – 195, ⟨10.1007/978-3-319-67471-1_11⟩. ⟨hal-01589251⟩

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    Année de publication 2017

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  • Communication dans un congrès

    Loïc Paulevé. Pint: A Static Analyzer for Transient Dynamics of Qualitative Networks with IPython Interface. CMSB 2017 – 15th conference on Computational Methods for Systems Biology, Sep 2017, Darmstadt, Germany. pp.370 – 316, ⟨10.1007/978-3-319-67471-1_20⟩. ⟨hal-01589248⟩

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    Année de publication 2017

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  • Article dans une revue

    Nicolas Levy, Aurélien Naldi, Céline Hernandez, Gautier Stoll, Denis Thieffry, et al.. Prediction of Mutations to Control Pathways Enabling Tumour Cell Invasion with the CoLoMoTo Interactive Notebook (Tutorial). Frontiers in Physiology, Frontiers, 2018, 9, pp.787. ⟨10.1101/319780⟩. ⟨hal-01809081⟩

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    Année de publication 2018

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  • Article dans une revue

    Vladimir Reinharz, Antoine Soulé, Eric Westhof, Jérôme Waldispühl, Alain Denise. Mining for recurrent long-range interactions in RNA structures reveals embedded hierarchies in network families. Nucleic Acids Research, Oxford University Press, 2018. ⟨hal-01745345⟩

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    Année de publication 2018

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  • Communication dans un congrès

    Robin Milosz, Adeline Pierrot, Sylvie Hamel. Median of 3 Permutations, 3-Cycles and 3-Hitting Set Problem. IWOCA (International Workshop on Combinatorial Algorithms) , 2018, Singapour, Singapore. ⟨hal-01793584⟩

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    Année de publication 2018