Communication dans un congrès
BIOINFO
Publications
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Dernières publications
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Communication dans un congrès
Clémence Sebe, Sarah Cohen-Boulakia, Olivier Ferret, Aurélie Névéol. Extraction d’entités nommées décrivant des chaînes de traitement bioinformatiques dans des articles scientifiques en anglais. 35èmes Journées d’Études sur la Parole (JEP 2024) 31ème Conférence sur le Traitement Automatique des Langues Naturelles (TALN 2024) 26ème Rencontre des Étudiants Chercheurs en Informatique pour le Traitement Automatique des Langues (RECITAL 2024), Jul 2024, Toulouse, France. pp.422-434. ⟨hal-04623033⟩
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Article dans une revue
Julien Demiselle, Guillaume Duval, Jean-François Hamel, Anne Renault, Laëtitia Bodet-Contentin, et al.. Determinants of hospital and one-year mortality among older patients admitted to intensive care units: results from the multicentric SENIOREA cohort. Annals of Intensive Care, 2021, 11 (1), pp.35. ⟨10.1186/s13613-021-00804-w⟩. ⟨hal-04592566⟩
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Thèse
Jorgelindo da Veiga Moreira. Modélisation de la bascule métabolique chez les cellules eucaryotes : application à la production de citrate chez la levure Yarrowia lipolytica. Biotechnologie. Université Paris Saclay (COmUE), 2019. Français. ⟨NNT : 2019SACLX015⟩. ⟨tel-02320659⟩
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Thèse
Hugues Mandon. Algorithmes pour la prédiction de stratégies de reprogrammation cellulaire dans les réseaux Booléens.. Algorithme et structure de données [cs.DS]. Université Paris Saclay (COmUE), 2019. Français. ⟨NNT : 2019SACLN060⟩. ⟨tel-02513383v2⟩
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Thèse
Marine Djaffardjy. Pipelines d’Analyse Bioinformatiques : solutions offertes par les Systèmes de Workflows, Cadre de représentation et Étude de la Réutilisation. Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Paris-Saclay, 2023. Français. ⟨NNT : 2023UPASG059⟩. ⟨tel-04496191⟩
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Thèse
Jérémy Guez. Cultural transmission of reproductive success: Causal mechanisms, genetic consequences, and machine-learning-based inference. Populations and Evolution [q-bio.PE]. Muséum national d’histoire naturelle, 2023. English. ⟨NNT : ⟩. ⟨tel-04482448⟩
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Poster de conférence
Coline Gianfrotta, Vladimir Reinharz, Olivier Lespinet, Dominique Barth, Alain Denise. A graph-based approach to classify A-minor motifs in RNA structures according to their structural context. ISMB: Intelligent Systems for Molecular Biology, Jul 2020, Virtual conference (Covid), Canada. ⟨hal-04469616⟩
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Article dans une revue
Daniel Etiemble, Ramzi Jaber. Design of (3,2) and (4,2) CNTFET Ternary Counters for Multipliers. Asian Journal of Research in Computer Science, 2023, 16 (3), pp.103-118. ⟨10.9734/ajrcos/2023/v16i3349⟩. ⟨hal-04465608⟩
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Thèse
Alexandra Zaharia. Mining conserved neighborhood patterns in metabolic and genomic contexts. Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Paris Saclay (COmUE), 2018. English. ⟨NNT : 2018SACLS275⟩. ⟨tel-01933663v2⟩
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Thèse
Karima Rafes. Le Linked Data à l’université : la plateforme LinkedWiki. Web. Université Paris Saclay (COmUE), 2019. Français. ⟨NNT : 2019SACLS032⟩. ⟨tel-02003672⟩
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Poster de conférence
Coline Gianfrotta, Vladimir Reinharz, Olivier Lespinet, Dominique Barth, Alain Denise. A graph-based approach to classify A-minor motifs in RNA structures according to their structural context. JOBIM 2020, Jun 2020, Montpellier, France. JOBIM 2020 Poster Proceedings, pp.34, 2020. ⟨hal-04469625⟩
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Thèse
Cecile Moulin. Analyse des voies métaboliques au cours du cycle cellulaire : application au métabolisme du cancer. Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]. Université Paris-Saclay, 2020. Français. ⟨NNT : 2020UPASG022⟩. ⟨tel-03164566⟩
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Communication dans un congrès
Coline Gianfrotta, Vladimir Reinharz, Dominique Barth, Alain Denise. A Graph-based Similarity Approach to Classify Recurrent Complex Motifs from their Context in RNA Structures. JOBIM 2021, Jul 2021, Institut Pasteur (Paris), France. pp.15. ⟨hal-04469623⟩
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Thèse
Coline Gianfrotta. Modélisation, analyse et classification de motifs structuraux d’ARN à partir de leur contexte, par des méthodes d’algorithmique de graphes. Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Paris-Saclay, 2022. Français. ⟨NNT : 2022UPASG056⟩. ⟨tel-03867018⟩
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Communication dans un congrès
Karima Rafes, Sarah Cohen-Boulakia, Serge Abiteboul. Une autocomplétion générique de SPARQL dans un contexte multi-services. BDA 2017 – 33ème conférence sur la «Gestion de Données — Principes, Technologies et Applications», Nov 2017, Nancy, France. ⟨hal-01627760⟩
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Article dans une revue
Christophe Pradal, Sarah Cohen-Boulakia, Gaëtan Heidsieck, Esther Pacitti, Francois Tardieu, et al.. Distributed Management of Scientific Workflows for High-Throughput Plant Phenotyping. ERCIM News, 2018, Smart Farming, pp.36-37. ⟨hal-01948568⟩
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Article dans une revue
Benoît Laflaquière, Gabrielle Leclercq, Chandarong Choey, Jingkui Chen, Sabine Pérès, et al.. Identifying Biomarkers of Wharton’s Jelly Mesenchymal Stromal Cells Using a Dynamic Metabolic Model: The Cell Passage Effect. Metabolites, 2018, 8 (1), pp.18. ⟨10.3390/metabo8010018⟩. ⟨hal-01784012⟩
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Article dans une revue
Nika Abdollahi, Alexandre Albani, Eric Anthony, Agnes Baud, Mélissa Cardon, et al.. Meet-U: educating through research immersion. PLoS Computational Biology, 2018, 14 (3), pp.1-10. ⟨10.1371/journal.pcbi.1005992⟩. ⟨hal-01722019⟩
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Pré-publication, Document de travail
Flora Jay, Simon Boitard, Frédéric Austerlitz. An ABC method for whole-genome sequence data: inferring paleolithic and neolithic human expansions. 2018. ⟨hal-01896856⟩
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Communication dans un congrès
Karima Rafes, Serge Abiteboul, Sarah Cohen-Boulakia, Bastien Rance. Designing scientific SPARQL queries using autocompletion by snippets. 14th IEEE International Conference on eScience, Oct 2018, Amsterdam, Netherlands. ⟨hal-01874780v2⟩
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Communication dans un congrès
Cecile Moulin, Laurent Tournier, Sabine Pérès. Using a hybrid approach to model central carbon metabolism across the cell cycle. International Workshop on Hybrid Systems Biology, Apr 2019, Prague, Czech Republic. ⟨10.1007/978-3-030-28042-0_9⟩. ⟨hal-02791386⟩
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Article dans une revue
Flora Jay, Simon Boitard, Frédéric Austerlitz. An ABC Method for Whole-Genome Sequence Data: Inferring Paleolithic and Neolithic Human Expansions. Molecular Biology and Evolution, 2019, 36 (7), pp.1565-1579. ⟨10.1093/molbev/msz038⟩. ⟨hal-02274331⟩
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Article dans une revue
Isabelle Boutron, Anna Chaimani, Joerg Meerpohl, Asbjørn Hróbjartsson, Declan Devane, et al.. The COVID-NMA Project: Building an Evidence Ecosystem for the COVID-19 Pandemic. Annals of Internal Medicine, 2020, pp.M20-5261. ⟨10.7326/M20-5261⟩. ⟨inserm-02984886⟩
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Article dans une revue
Jorgelindo da Veiga Moreira, Mario Jolicoeur, Laurent Schwartz, Sabine Peres. Fine-tuning mitochondrial activity in Yarrowia lipolytica for citrate overproduction. Scientific Reports, 2021, 11 (1), ⟨10.1038/s41598-020-79577-4⟩. ⟨hal-03209507⟩