SDD
Science des Données
Des traces numériques de l’ensemble des activités humaines sont aujourd’hui disponibles dans tous les domaines, des données souvent massives, hétérogènes, dynamiques et de qualité variable (les 4 V du Big Data : Volume, Variété, Vélocité, Véracité). Leur exploitation conduit à la définition d’un quatrième paradigme scientifique : la conception et la validation d’hypothèses, de modèles théorique et d’algorithmes, guidées par les données et en interaction avec les experts du domaine. Le département Science des Données s’intéresse à répondre de façon robuste aux défis des 4V, en termes de passage à l’échelle face au volume et à la vélocité des données, et de résistance aux biais de diversité et de qualité. Ces objectifs définissent de nouvelles problématiques informatiques dans le domaine du stockage, de la communication, de l’analyse et de l’optimisation des traitements, de l’interrogation et de l’enrichissement des données, de la découverte des connaissances et de l’apprentissage de modèles.
Avec près de 40 chercheurs et enseignants-chercheurs, le département Sciences des Données couvre un spectre large de thématiques fondamentales et en lien avec les applications : bases de données, fouille de données, Web sémantique, représentation des connaissances, algorithmique, combinatoire, optimisation stochastique et distribuée, apprentissage statistique et réseaux neuronaux, réseaux de communication, simulation. Il dispose également d’une expertise approfondie de la recherche interdisciplinaire et du dialogue avec les experts des domaines d’applications (particulièrement en biologie, médecine, sciences humaines et sociales, physique expérimentale), permettant un accès privilégié aux données d’intérêt et à l’évaluation des modèles et des algorithmes.
Coordination
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Algorithmes, apprentissage et calcul, Sciences des Données
A&O
Charpiat Guillaume
Chercheur
Responsable du département Science des données
Actualités
Publications récentes
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Pré-publication, Document de travail
Miriam Bravo-Lopez, Eduardo Arrieta-Donato, Viridiana Villa-Islas, Åshild Joanne Vågene, Ana Villaseñor-Altamirano, et al.. Ancient genomic insights into Salmonella enterica Paratyphi C from Central Mexico. 2025. ⟨hal-05407381⟩
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Pré-publication, Document de travail
Antoine Amarilli, Benoît Groz. Cutwidth Bounds via Vertex Partitions. 2025. ⟨hal-05407161⟩
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Article dans une revue
Louis Ollivier, Brian Charlesworth, Fanny Pouyet. Beyond recombination: Exploring the impact of meiotic frequency on genome-wide genetic diversity. PLoS Genetics, 2025, 21 (8), pp.e1011798. ⟨10.1371/journal.pgen.1011798⟩. ⟨hal-05405132⟩
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Communication dans un congrès
Onofrio Semeraro, Michele Alessandro Bucci, Lionel Mathelin, Luigi Marra, Amine Saibi. From robotics to fluid dynamics: opportunities and pitfalls of Reinforcement Learning in flow control. iTi Workshop on Structure and control of wall-bounded turbulent flows, Jul 2025, Bertinoro, Italy. ⟨hal-05379587⟩
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Article dans une revue
Nicolas Bousquet, Quentin Chuet, Victor Falgas-Ravry, Amaury Jacques, Laure Morelle. A note on locating-dominating sets in twin-free graphs. Discrete Mathematics, 2025, 348 (2), pp.114297. ⟨10.1016/j.disc.2024.114297⟩. ⟨hal-05369304⟩
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Article dans une revue
Nicolas Saint-Léger, Nicolas Férey, Joe Raad, Patrick Bourdot. An overview study on the use of Semantics in Immersive Environments. Journal on Multimodal User Interfaces, 2025, 19, pp.305-322. ⟨10.1007/s12193-025-00465-0⟩. ⟨hal-05383687⟩
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Communication dans un congrès
Akash Malhotra, Nacéra Seghouani, Gilbert Badaro, Christophe Blaya. ConMax3D: Frame Selection for 3D Reconstruction Through Concept Maximization. 20th International Conference on Computer Vision Theory and Applications, Feb 2025, Porto, France. pp.598-609, ⟨10.5220/0013258800003912⟩. ⟨hal-05369558⟩
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Communication dans un congrès
Akash Malhotra, Nacéra Seghouani, Ahmad Saiid, Alaa Almatuwa, Koumudi Ganepola. Rethinking Deblurring Strategies for 3D Reconstruction: Joint Optimization vs. Modular Approaches. 20th International Conference on Computer Vision Theory and Applications, Feb 2025, Porto, France. pp.816-823, ⟨10.5220/0013378800003912⟩. ⟨hal-05369551⟩
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Communication dans un congrès
Elisa Mariani, Nacéra Bennacer Seghouani, Yue Ma. A Hybrid Self-Correcting Approach for Embedding Ontology-based Knowledge Graphs. SAC ’25: 40th ACM/SIGAPP Symposium on Applied Computing, Mar 2025, Catania International Airport Catania Italy, France. pp.1156-1163, ⟨10.1145/3672608.3707818⟩. ⟨hal-05369566⟩
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Article dans une revue
Nicolas Agier, Nina Vittorelli, Louis Ollivier, Frédéric Chaux, Alexandre Gillet-Markowska, et al.. A transient mutational burst occurs during yeast colony development. Molecular Systems Biology, 2025, 21 (9), pp.1214-1236. ⟨10.1038/s44320-025-00117-1⟩. ⟨hal-05389997⟩
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Article dans une revue
Akash Malhotra, Nacéra Seghouani. Gaussian Splatting: An Introduction. Image Processing On Line, 2025, 15, pp.45-58. ⟨10.5201/IPOL.2025.566⟩. ⟨hal-05369573⟩
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Thèse
Hugo de Oliveira. Reinforcement Learning and Federated Learning-based Multi-Band Assignment for IoT Short Packet Communications. Networking and Internet Architecture [cs.NI]. Université Paris-Saclay; The Graduate University for Advanced Studies (Hayama (Japon) ; 1988-..), 2025. English. ⟨NNT : 2025UPASG046⟩. ⟨tel-05351603⟩
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Pré-publication, Document de travail
Fanny Pouyet, Ferdinand Petit, Jérémy Guez, Léo Planche, Evelyne Heyer, et al.. Methods for inferring coalescent tree topologies from genomic data: a comparison based on the transmission of reproductive success. 2025. ⟨hal-05347078⟩
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Thèse
Rosario Patanè. Technical, energy performance, economic and environmental evaluation of vehicular and edge computing. Distributed, Parallel, and Cluster Computing [cs.DC]. Université Paris-Saclay, 2025. English. ⟨NNT : 2025UPASG074⟩. ⟨tel-05379040⟩
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Pré-publication, Document de travail
Elsa Denakpo, Nicolas Dias, Johann Pitout, Thierry Naas, Dylan Pillai, et al.. Imputing missing minimum inhibitory concentration (MIC) values for Pseudomonas aeruginosa strains with a Denoising AutoEncoder. 2025. ⟨hal-05361361⟩
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Pré-publication, Document de travail
Akash Malhotra, Nacéra Seghouani. Neural Field Turing Machine: A Differentiable Spatial Computer. 2025. ⟨hal-05369581⟩
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N°spécial de revue/special issue
Maxime Lefrançois, Fatiha Saïs, Cassia Trojahn. Post-actes de la conférence Ingénierie des Connaissances (IC 2021-2022-2023). Revue Ouverte d’Intelligence Artificielle, 6 (1-2), pp.200, 2025, ⟨10.5802/roia.90fr⟩. ⟨hal-05376657⟩
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Article dans une revue
Qiaomei Fu, Heng Li, Priya Moorjani, Flora Jay, Sergey Slepchenko, et al.. Genome sequence of a 45,000-year-old modern human from western Siberia. Nature, 2014, 514 (7523), pp.445-449. ⟨10.1038/nature13810⟩. ⟨hal-05361150⟩
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Article dans une revue
Arnaud Quelin, Frédéric Austerlitz, Flora Jay. Assessing simulation-based supervised machine learning for demographic parameter inference from genomic data. Heredity, 2025, 134 (7), pp.417-426. ⟨10.1038/s41437-025-00773-x⟩. ⟨hal-05335745⟩
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Communication dans un congrès
Anca Dobrescu, Sarah Cohen-Boulakia, Nona Naderi. Attempt to rerun, reproduce and replicate Clinical Trials Sentence Classification Studies: lessons learnt. ACM REP ’25: ACM Conference on Reproducibility and Replicability, Jul 2025, Vancouver, Canada. pp.243-244, ⟨10.1145/3736731.3746133⟩. ⟨hal-05326886⟩
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Pré-publication, Document de travail
Antoine Szatkownik, Aurélien Decelle, Beatriz Seoane, Nicolas Béreux, Léo Planche, et al.. PRIVET: Privacy Metric Based On Extreme Value Theory. 2025. ⟨hal-05326013⟩
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Communication dans un congrès
Camille de Amorim, Alain Denise. Searching for variable structural motifs in RNA graphs using simple descriptors. JOBIM 2025 – Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Université de Bordeaux, Jul 2025, Bordeaux, France. ⟨hal-05301347⟩
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Communication dans un congrès
Olivier Inizan, Fatiha Saïs, Anne Goelzer, Joe Raad, Danai Symeonidou. Abstracting Entity Matching for Analysing and Explaining Identity and Difference Decision and Indecision. KES, Sep 2025, Osaka, Japan. ⟨10.1016/j.procs.2025.09.333⟩. ⟨hal-05324375⟩
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Article dans une revue
Yi Qiu, Yoon Mo Kang, Christopher Korfmann, Fanny Pouyet, Andrew Eckford, et al.. The GC-content at the 5′ ends of human protein-coding genes is undergoing mutational decay. Genome Biology, 2024, 25 (1), pp.219. ⟨10.1186/s13059-024-03364-x⟩. ⟨hal-05238528⟩
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Article dans une revue
Helge Spieker, Nadjib Lazaar, Arnaud Gotlieb, Nassim Belmecheri. Metamorphic Testing of multimodal Human Trajectory Prediction. Information and Software Technology, 2025, 188, pp.107890. ⟨10.1016/j.infsof.2025.107890⟩. ⟨hal-05283836⟩
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Poster de conférence
Maël Lefeuvre, Michael D. Martin, Flora Jay, Marie-Claude Marsolier, Alexis Corrochano, et al.. GRUPS-rs: a high-performance ancient DNA genetic relatedness estimation software based on pedigree simulations. Bulletins et mémoires de la Société d’Anthropologie de Paris 35(S), Jan 2023, Paris, France. 35 (S), pp.30, 2023, ⟨10.4000/bmsap.11299⟩. ⟨hal-05242408⟩
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Poster de conférence
Maël Lefeuvre, Michael D. Martin, Flora Jay, Marie-Claude Marsolier, Alexis Corrochano, et al.. GRUPS-rs, a high-performance ancient DNA genetic relatedness estimation software relying on pedigree simulations. JOBIM 2023 – Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jun 2023, Multisite, France. ⟨hal-05242467⟩
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Communication dans un congrès
Shwetha Salimath, Francesca Bugiotti, Sylvain Wlodarczyk. GeoTS: A TSC framework for estimating geological formation to model carbon storage reservoirs. SIGKDD, ACM, Aug 2025, Toronto, Canada. pp.4773-4783, ⟨10.1145/3711896.3737228⟩. ⟨hal-05184905⟩
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Communication dans un congrès
Clémence Sebe, Sarah Cohen-Boulakia, Olivier Ferret, Aurélie Névéol. Extracting Information in a Low-resource Setting: Case Study on Bioinformatics Workflows. Symposium on Intelligent Data Analysis (IDA 2025), May 2025, Konstanz, Germany. pp.274-287, ⟨10.1007/978-3-031-91398-3_21⟩. ⟨hal-05244222⟩
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N°spécial de revue/special issue
Fatiha Saïs, Emmanuel Adam, Dominique Longin. PFIA 2024. Bulletin de l’Association Française pour l’Intelligence Artificielle, 126, 2024, Association Française pour l’Intelligence Artificielle. ⟨hal-05193157⟩
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Ouvrages
Christine Froidevaux, Martin-Magniette Marie-Laure, Guillem Rigaill (Dir.). Intégration de données biologiques. Approches informatiques et statistiques. ISTE, 2022, 978-1789480306. ⟨hal-05175499⟩
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Communication dans un congrès
Ha Duc Thang, Lila Boukhatem, Megumi Kanew, Steven Martin. Performance-Cost Trade-off of Joint Beamforming and User Clustering in Cloud Radio Access Networks. IEEE PIMRC’17 – IEEE International Symposium on Personal, Indoor and Mobile Radio Communications, Oct 2017, Montréal, Canada. pp.1-5, ⟨10.1109/PIMRC.2017.8292411⟩. ⟨hal-01691394⟩
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Communication dans un congrès
Franco Quezada, Céline Gicquel, Safia Kedad-Sidhoum, Bernardo Pagnoncelli. A probing-enhanced stochastic programming approach for the capacitated multi-item lot-sizing problem. 26ème Congrès Annuel de la Société Française de Recherche Opérationnelle et d’Aide à la Décision (ROADEF 2025), Feb 2025, Champs-sur-Marne, France. ⟨hal-05168056⟩
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Communication dans un congrès
Ruiwen Liao, Franco Quezada, Céline Gicquel, Safia Kedad-Sidhoum. Multi-stage stochastic optimization for lot-sizing with uncertain demand and renewable energy supply. 26ème Congrès Annuel de la Société Française de Recherche Opérationnelle et d’Aide à la Décision (ROADEF 2025), Feb 2025, Champs-sur-Marne, France. ⟨hal-05168038⟩
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Communication dans un congrès
Ulysse Le Clanche, Sarah Cohen-Boulakia, Yann Le Cunff, Olivier Dameron, Alban Gaignard. Assessing bioinformatics software annotations: bio.tools case-study. JOBIM 2025 – Journées Ouvertes en Biologie, Informatique et Mathématiques, Jul 2025, Bordeaux & Online, France. pp.1-7. ⟨hal-05096849⟩
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Communication dans un congrès
Djamel Mesbah, Nour El Madhoun, Khaldoun Al Agha, Hani Chalouati. Exploring NLP Techniques for Code Smell Detection: A Comparative Study. The 39th International Conference on Advanced Information Networking and Applications (AINA-2025), Apr 2025, Barcelone, Spain. ⟨hal-05014865⟩
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Article dans une revue
Victor Spitzer, Céline Gicquel, Evgeny Gurevsky, François Sanson. An approximate dynamic programming approach for multi-stage stochastic lot-sizing under a Decision-Hazard-Decision information structure. Discrete Applied Mathematics, 2026, 379, pp.355-378. ⟨10.1016/j.dam.2025.08.051⟩. ⟨hal-04987947v3⟩
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Communication dans un congrès
Xiao Xiao, Sarah Fdili Alaoui. Tuning In to Intangibility : Reflections from My First 3 Years of Theremin Learning. DIS 2024 – Designing Interactive Systems Conference, Jul 2024, Copenhagen, Denmark. pp.2649-2659, ⟨10.1145/3643834.3661584⟩. ⟨hal-04930549⟩
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Communication dans un congrès
Victor Spitzer, Céline Gicquel, Evgeny Gurevsky, François Sanson. Structural learning of electricity prices for production. 26ème Congrès Annuel de la Société Française de Recherche Opérationnelle et d’Aide à la Décision (ROADEF 2025), Feb 2025, Champs-sur-Marne, France. ⟨hal-04967831⟩
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Article dans une revue
Mathieu Lerouge, Céline Gicquel, Vincent Mousseau, Wassila Ouerdane. Modeling and generating user‐centered contrastive explanations for the workforce scheduling and routing problem. International Transactions in Operational Research, In press, ⟨10.1111/itor.13594⟩. ⟨hal-04933808⟩
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Communication dans un congrès
Benoît Choffin, Fabrice Popineau, Yolaine Bourda, Jill-Jênn Vie. DAS3H: Modeling Student Learning and Forgetting for Optimally Scheduling Distributed Practice of Skills. JDSE 2019 – Paris-Saclay Junior Conference on Data Science and Engineering, Sep 2019, Gif-sur-Yvette, France. ⟨hal-03427048⟩
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Communication dans un congrès
Jonathan Colin, Silviu Maniu. Optimizing Diverse Information Exposure in Social Graphs. BigData 2024 – IEEE International Conference on Big Data, Dec 2024, Washington, United States. pp.519-528, ⟨10.1109/BigData62323.2024.10825032⟩. ⟨hal-04895827⟩
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Article dans une revue
Ayse Akbalik, Céline Gicquel, Bernard Penz, Christophe Rapine. Lot sizing with capacity adjustment using on-site green and grid electricity. Omega, 2025, 133, pp.103260. ⟨10.1016/j.omega.2024.103260⟩. ⟨hal-04887456⟩
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Article dans une revue
Maxime Mahout, Laurent Schwartz, Romain Attal, Ashraf Bakkar, Sabine Peres. Metabolic modelling links Warburg effect to collagen formation, angiogenesis and inflammation in the tumoral stroma. PLoS ONE, 2024, 19 (12), pp.e0313962. ⟨10.1371/journal.pone.0313962⟩. ⟨hal-04873696⟩
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Communication dans un congrès
Antoine Amarilli, Benoit Groz, Nicole Wein. Edge-Minimum Walk of Modular Length in Polynomial Time. 16th Innovations in Theoretical Computer Science – ITCS 2025, Jan 2025, New York City, United States. pp.5:1-5:23, ⟨10.4230/LIPIcs.ITCS.2025.5⟩. ⟨hal-04871489⟩
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Communication dans un congrès
Wenbo Zhou, Philippe Dague, Lei Liu, Lina Ye, Fatiha Zaïdi. A Coloured Petri Nets Based Attack Tolerance Framework. 27th Asia-Pacific Software Engineering Conference (APSEC 2020), IEEE, Dec 2020, Singapore, Singapore. pp.159-168, ⟨10.1109/APSEC51365.2020.00024⟩. ⟨hal-03133790⟩
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Communication dans un congrès
Ruiwen Liao, Franco Quezada, Céline Gicquel, Safia Kedad-Sidhoum. A two-stage stochastic programming model for lot-sizing with onsite generation of renewable energy. 25ème Congrès Annuel de la Société Française de Recherche Opérationnelle et d’Aide à la Décision (ROADEF 2024), Société Française de Recherche Opérationnelle et Aide à la Décision, Mar 2024, Amiens, France. ⟨hal-04824007⟩
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Communication dans un congrès
Céline Gicquel, Mouna Kchaou Boujelben. Optimal design of an electric carsharing system under uncertain trip duration and energy consumption. 33rd European Conference on Operational Research (EURO 2024), Jun 2024, Copenhague, Denmark. ⟨hal-04824035⟩
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Communication dans un congrès
Ruiwen Liao, Franco Quezada, Céline Gicquel, Safia Kedad-Sidhoum. A multi-stage stochastic programming model for lot-sizing with onsite generation of renewable energy. 33rd European Conference on Operational Research (EURO 2024), Jun 2024, Copenhague, Denmark. ⟨hal-04824056⟩
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Communication dans un congrès
Ruiwen Liao, Franco Quezada, Céline Gicquel, Safia Kedad-Sidhoum. A multi-stage stochastic programming model for lot-sizing problem with onsite generation of renewable energy. 14th International Workshop on Lot-sizing (IWLS 2024), Aug 2024, Kaiserslautern, Germany. ⟨hal-04824070⟩
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Communication dans un congrès
Mouna Kchaou Boujelben, Céline Gicquel. Evaluating the impact of uncertain trip duration and energy consumption on electric vehicle sharing network design. 26th Euro Working Group on Transportation Meeting (EWGT 2024), Sep 2024, Lund, Sweden. pp.778-785, ⟨10.1016/j.trpro.2025.04.097⟩. ⟨hal-04823981⟩
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Article dans une revue
Bingqian Liu, Côme Bissuel, François Courtot, Céline Gicquel, Dominique Quadri. A generalized Benders decomposition approach for the optimal design of a local multi-energy system. European Journal of Operational Research, 2024, 318 (1), pp.43-54. ⟨10.1016/j.ejor.2024.05.013⟩. ⟨hal-04802899⟩
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Communication dans un congrès
Christian Clavijo Lopez, Mouna Kchaou-Boujelben, Céline Gicquel, Khedaoudj Halimi. Assessing the impact of relocation on the optimal design of electric vehicle sharing systems. 2024 10th International Conference on Control, Decision and Information Technologies (CoDIT), Jul 2024, Vallette, Malta. pp.1329-1334, ⟨10.1109/CoDIT62066.2024.10708229⟩. ⟨hal-04811888⟩
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Chapitre d'ouvrage
Mehwish Alam, Genet Asefa Gesese, Pierre-Henri Paris. Neurosymbolic Methods for Dynamic Knowledge Graphs. Handbook on Neurosymbolic Artificial Intelligence, IOS Press, 2025, Frontiers in Artificial Intelligence and Applications, ⟨10.3233/FAIA250223⟩. ⟨hal-04792151⟩
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Communication dans un congrès
Dylan Sechet, Francesca Bugiotti, Matthieu Kowalski, Edouard D’hérouville, Filip Langiewicz. A Hierarchical Deep Learning Approach for Minority Instrument Detection. DAFx 2024 – the 27th International Conference on Digital Audio Effects, Sep 2024, Guildford Surrey, United Kingdom. ⟨hal-04793160⟩
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Communication dans un congrès
Ruiwen Liao, Franco Quezada, Céline Gicquel, Safia Kedad-Sidhoum. A Two-Stage Stochastic Programming Approach for Energy-Oriented Lot-Sizing. Advances in Production Management Systems (APMS 2024), Sep 2024, Chemnitz, Germany. pp.348-363, ⟨10.1007/978-3-031-71629-4_24⟩. ⟨hal-04803390⟩
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Pré-publication, Document de travail
Dilek Koptekin, Ayça Aydoğan, Cansu Karamurat, N. Ezgi Altınışık, Kıvılcım Başak Vural, et al.. Out-of-Anatolia: cultural and genetic interactions during the Neolithic expansion in the Aegean. 2024. ⟨hal-04801125⟩
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Pré-publication, Document de travail
Antoine Szatkownik, Léo Planche, Maïwen Demeulle, Titouan Chambe, María Ávila-Arcos, et al.. Diffusion-based artificial genomes and their usefulness for local ancestry inference. 2024. ⟨hal-04801121⟩
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Pré-publication, Document de travail
Antoine Szatkownik, Cyril Furtlehner, Guillaume Charpiat, Burak Yelmen, Flora Jay. Latent generative modeling of long genetic sequences with GANs. 2024. ⟨hal-04801130⟩
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Pré-publication, Document de travail
Burak Yelmen, Maris Alver, Estonian Biobank Research Team, Flora Jay, Lili Milani. Interpreting artificial neural networks to detect genome-wide association signals for complex traits. 2024. ⟨hal-04801114⟩
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Communication dans un congrès
Victor Spitzer, Céline Gicquel, Evgeny Gurevsky, François Sanson. Dynamic two-stage programming for the stochastic lot-sizing problem with inventory bounds and lost sales. Conference PGMO Days 2024, Nov 2024, Palaiseau, France. ⟨hal-04768708⟩
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Communication dans un congrès
Hui Yang, Mostepha Khouadjia, Nacéra Bennacer Seghouani, Yue Ma, Serge Delmas. Explainable Action-Recognition Based Approach For Unsupervised Video Anomaly Detection. International Symposium on Visual Computing (ISVC), Oct 2024, Lake Tahoe, United States. pp.182-195, ⟨10.1007/978-3-031-77392-1_14⟩. ⟨hal-04755410⟩
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Article dans une revue
Stéphanie Chevalier, Julia Becker, Yujuan Gui, Vincent Noël, Cui Su, et al.. Data-driven inference of Boolean networks from transcriptomes to predict cellular differentiation and reprogramming. npj Systems Biology and Applications, 2025, 11, pp.105. ⟨10.1038/s41540-025-00569-z⟩. ⟨hal-04753079v2⟩
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Article dans une revue
Stephane Durand, Kinda Khawam, Dominique Quadri, Steven Martin, Samer Lahoud, et al.. Federated Learning Game in IoT Edge Computing. IEEE Access, 2024, 12, pp.93060-93074. ⟨10.1109/ACCESS.2024.3420814⟩. ⟨hal-04724701⟩
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Communication dans un congrès
Kinda Khawam, Farah Yassine, Samer Lahoud, Yujie Tang, Dominique Quadri, et al.. Federated Non-Stochastic Multi-Armed Bandit for Channel Sensing in Cognitive Radio Systems. IEEE Wireless Communications and Networking Conference, Mar 2025, Milan, Italy. ⟨hal-04745653⟩
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Article dans une revue
Maël Lefeuvre, Michael David Martin, Flora Jay, Marie-Claude Marsolier, Céline Bon. GRUPS-rs, a high-performance ancient DNA genetic relatedness estimation software relying on pedigree simulations. Human Population Genetics and Genomics, 2024, 4 (1), pp.0001. ⟨10.47248/hpgg2404010001⟩. ⟨hal-04709778⟩
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Communication dans un congrès
Carlos Cuevas Villarmin, Sarah Cohen-Boulakia, Nona Naderi. Reproducibility in Named Entity Recognition: A Case Study Analysis. 2024 IEEE 20th International Conference on e-Science (e-Science), Sep 2024, Osaka, Japan. ⟨10.1109/e-Science62913.2024.10678721⟩. ⟨hal-04706673⟩
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Communication dans un congrès
Djamel Mesbah, Nour El Madhoun, Khaldoun Al Agha, Hani Chalouati. Beyond the Code: Unraveling the Applicability of Graph Neural Networks in Smell Detection. The 27th International Conference on Network-Based Information Systems (NBiS-2024), Sep 2024, Asan, South Korea. pp.148–161, ⟨10.1007/978-3-031-72325-4_15⟩. ⟨hal-04703377⟩
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Communication dans un congrès
Olivier Inizan, Vincent Fromion, Anne Goelzer, Fatiha Saïs, Danai Symeonidou. An Ontology to Structure Biological Data: The Contribution of Mathematical Models. Metadata and Semantic Research, 2022, Bolzano, Italy. pp.57-64, ⟨10.1007/978-3-030-98876-0_5⟩. ⟨hal-04695320⟩
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Communication dans un congrès
Léa Guyon, Jérémy Guez, Evelyne Heyer, Raphaëlle Chaix. Is the post-Neolithic Y chromosome bottleneck necessarily explained by violent competition between lineages?. Journées de la Société d’Anthropologie de Paris, Jan 2023, Paris, France. ⟨10.4000/bmsap.11136⟩. ⟨hal-04671432⟩
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Article dans une revue
George Marchment, Bryan Brancotte, Marie Schmit, Frédéric Lemoine, Sarah Cohen-Boulakia. BioFlow-Insight: facilitating reuse of Nextflow workflows with structure reconstruction and visualization. NAR Genomics and Bioinformatics, 2024, 6 (3), pp.lqae092. ⟨10.1093/nargab/lqae092⟩. ⟨pasteur-04670359⟩
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Communication dans un congrès
Thibaut Soulard, Joe Raad, Fatiha Saïs. Validation temporelle explicable de faits par la découverte de contraintes temporelles complexes dans les graphes de connaissances. 35es Journées francophones d’Ingénierie des Connaissances (IC 2024) @ Plate-Forme Intelligence Artificielle (PFIA 2024), Jul 2024, La Rochelle, France. pp.62-71. ⟨hal-04650739⟩
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Communication dans un congrès
Stéphanie Chevalier, Déborah Boyenval, Gustavo Magaña-López, Théo Roncalli, Athénaïs Vaginay, et al.. BoNesis: a Python-based declarative environment for the verification, reprogramming, and synthesis of Most Permissive Boolean networks. CMSB 2024: 22nd International Conference on Computational Methods in Systems Biology, Sep 2024, Pisa, Italy. ⟨10.1007/978-3-031-71671-3_6⟩. ⟨hal-04629083⟩
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Communication dans un congrès
Victor Spitzer, Céline Gicquel, Evgeny Gurevsky, François Sanson. Day-ahead lot-sizing under uncertainty: An application to green hydrogen production. 33rd European Conference on Operational Research (EURO 2024), Jun 2024, Copenhague, Denmark. ⟨hal-04631245⟩
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Communication dans un congrès
Clémence Sebe, Sarah Cohen-Boulakia, Olivier Ferret, Aurélie Névéol. Extraction d’entités nommées décrivant des chaînes de traitement bioinformatiques dans des articles scientifiques en anglais. 31ème Conférence sur le Traitement Automatique des Langues Naturelles (TALN 2024), Jul 2024, Toulouse, France. pp.422-434. ⟨hal-04623033⟩
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Article dans une revue
Julien Demiselle, Guillaume Duval, Jean-François Hamel, Anne Renault, Laëtitia Bodet-Contentin, et al.. Determinants of hospital and one-year mortality among older patients admitted to intensive care units: results from the multicentric SENIOREA cohort. Annals of Intensive Care, 2021, 11 (1), pp.35. ⟨10.1186/s13613-021-00804-w⟩. ⟨hal-04592566⟩
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Communication dans un congrès
Victor Spitzer, Céline Gicquel, Evgeny Gurevsky, François Sanson. Day-ahead lot-sizing under uncertainty: An application to green hydrogen production. 8th International Symposium on Combinatorial Optimization (ISCO 2024), May 2024, La Laguna, Spain. ⟨10.1007/978-3-031-60924-4_30⟩. ⟨hal-04580335⟩
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N°spécial de revue/special issue
Fatiha Saïs, Emmanuel Adam, Grégory Bonnet, Dominique Longin. PFIA 2023. Bulletin de l’Association Française pour l’Intelligence Artificielle, 122, 2023, Association Française pour l’Intelligence Artificielle. ⟨hal-04559065⟩
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Thèse
Jorgelindo da Veiga Moreira. Modélisation de la bascule métabolique chez les cellules eucaryotes : application à la production de citrate chez la levure Yarrowia lipolytica. Biotechnologie. Université Paris Saclay (COmUE), 2019. Français. ⟨NNT : 2019SACLX015⟩. ⟨tel-02320659⟩
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Thèse
Hugues Mandon. Algorithmes pour la prédiction de stratégies de reprogrammation cellulaire dans les réseaux Booléens.. Algorithme et structure de données [cs.DS]. Université Paris Saclay (COmUE), 2019. Français. ⟨NNT : 2019SACLN060⟩. ⟨tel-02513383v2⟩
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Communication dans un congrès
Armita Khajeh Nassiri, Nathalie Pernelle, Fatiha Saïs, Gianluca Quercini. RE-miner for data linking results for OAEI 2020. Ontology Matching Workshop at ISWC 2020, Nov 2020, Athens, France. ⟨hal-04537965⟩
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Poster de conférence
Hui Yang, Mostepha Redouane Khouadjia, Nacéra Bennacer Seghouani, Yue Ma, Serge Delmas. Explainable Anomaly Detection for Context Semantic Awareness. Workshop HyCHA (Hybridation Connaissances, Humain et Apprentissage Statistique), Mar 2024, Gif sur Yvette, France. ⟨hal-04521991⟩
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Communication dans un congrès
Maroua Bahri, Silviu Maniu, Albert Bifet. A Sketch-Based Naive Bayes Algorithms for Evolving Data Streams. 2018 IEEE International Conference on Big Data (Big Data), Dec 2018, Seattle, United States. pp.604-613, ⟨10.1109/BigData.2018.8622178⟩. ⟨hal-04507533⟩
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Communication dans un congrès
David Nizard, Nicolas Dupin, Dominique Quadri. An exact dynamic programming algorithm, lower and upper bounds, applied to the large block sale problem. 2022 8th International Conference on Control, Decision and Information Technologies (CoDIT), May 2022, Istanbul, France. pp.146-151, ⟨10.1109/CoDIT55151.2022.9804160⟩. ⟨hal-04495072⟩
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Thèse
Marine Djaffardjy. Pipelines d’Analyse Bioinformatiques : solutions offertes par les Systèmes de Workflows, Cadre de représentation et Étude de la Réutilisation. Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Paris-Saclay, 2023. Français. ⟨NNT : 2023UPASG059⟩. ⟨tel-04496191⟩
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Article dans une revue
Yue Su, Nicolas Dupin, Jakob Puchinger. A Deterministic Annealing Local Search for the Electric Autonomous Dial-a-Ride Problem. European Journal of Operational Research, 2023, 309 (3), pp.1091-1111. ⟨10.1016/j.ejor.2023.02.012⟩. ⟨hal-03211499v3⟩
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Thèse
Jérémy Guez. Cultural transmission of reproductive success: Causal mechanisms, genetic consequences, and machine-learning-based inference. Populations and Evolution [q-bio.PE]. Muséum national d’histoire naturelle, 2023. English. ⟨NNT : ⟩. ⟨tel-04482448⟩
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Communication dans un congrès
Thamer Mecharnia, Lydia Chibout Khelifa, Nathalie Pernelle, Fayçal Hamdi. An approach toward a prediction of the presence of asbestos in buildings based on incomplete temporal descriptions of marketed products. K-CAP ’19: Knowledge Capture Conference, 2019, Marina Del Rey, United States. pp.239-242, ⟨10.1145/3360901.3364428⟩. ⟨hal-04471235⟩
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Article dans une revue
Nicola Roberto Zema, Enrico Natalizio, Luigi Di Puglia Pugliese, Francesca Guerriero. 3D Trajectory Optimization for Multimission UAVs in Smart City Scenarios. IEEE Transactions on Mobile Computing, 2022, 23 (1), pp.1-11. ⟨10.1109/TMC.2022.3215705⟩. ⟨hal-04480209⟩
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Communication dans un congrès
Marc Velay, Bich-Liên Doan, Arpad Rimmel, Fabrice Popineau, Fabrice Daniel. Benchmarking Robustness of Deep Reinforcement Learning approaches to Online Portfolio Management. 2023 International Conference on Innovations in Intelligent Systems and Applications (INISTA), Sep 2023, Hammamet, Tunisia. pp.1-6, ⟨10.1109/INISTA59065.2023.10310402⟩. ⟨hal-04473989⟩
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Communication dans un congrès
Hugo Thimonier, Fabrice Popineau, Arpad Rimmel, Bich-Liên Doan. Beyond Individual Input for Deep Anomaly Detection on Tabular Data. 2nd Table Representation Learning Workshop @ NeurIPS 2023, Dec 2023, New Orleans, United States. ⟨10.48550/arXiv.2305.15121⟩. ⟨hal-04473993⟩
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Thèse
Jieying Chen. Knowledge Extraction from Description Logic Terminologies. Information Retrieval [cs.IR]. Université Paris Saclay (COmUE), 2018. English. ⟨NNT : 2018SACLS531⟩. ⟨tel-04471349v2⟩
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Thèse
Luis Palacios Medinacelli. Knowledge Discovery for Avionics Maintenance : An Unsupervised Concept Learning Approach. Artificial Intelligence [cs.AI]. Université Paris Saclay (COmUE), 2019. English. ⟨NNT : 2019SACLS130⟩. ⟨tel-02285443⟩
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Poster de conférence
Coline Gianfrotta, Vladimir Reinharz, Olivier Lespinet, Dominique Barth, Alain Denise. A graph-based approach to classify A-minor motifs in RNA structures according to their structural context. ISMB: Intelligent Systems for Molecular Biology, Jul 2020, Virtual conference (Covid), Canada. ⟨10.7490/f1000research.1118288.1⟩. ⟨hal-04469616⟩
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Article dans une revue
Daniel Etiemble, Ramzi Jaber. Design of (3,2) and (4,2) CNTFET Ternary Counters for Multipliers. Asian Journal of Research in Computer Science, 2023, 16 (3), pp.103-118. ⟨10.9734/ajrcos/2023/v16i3349⟩. ⟨hal-04465608⟩
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Thèse
Alexandra Zaharia. Mining conserved neighborhood patterns in metabolic and genomic contexts. Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Paris Saclay (COmUE), 2018. English. ⟨NNT : 2018SACLS275⟩. ⟨tel-01933663v2⟩
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Thèse
Karima Rafes. Le Linked Data à l’université : la plateforme LinkedWiki. Web. Université Paris Saclay (COmUE), 2019. Français. ⟨NNT : 2019SACLS032⟩. ⟨tel-02003672⟩
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Poster de conférence
Coline Gianfrotta, Vladimir Reinharz, Olivier Lespinet, Dominique Barth, Alain Denise. A graph-based approach to classify A-minor motifs in RNA structures according to their structural context. JOBIM 2020, Jun 2020, Montpellier, France. JOBIM 2020 Poster Proceedings, pp.34, 2020. ⟨hal-04469625⟩
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Thèse
Cecile Moulin. Analyse des voies métaboliques au cours du cycle cellulaire : application au métabolisme du cancer. Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]. Université Paris-Saclay, 2020. Français. ⟨NNT : 2020UPASG022⟩. ⟨tel-03164566⟩
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Communication dans un congrès
Coline Gianfrotta, Vladimir Reinharz, Dominique Barth, Alain Denise. A Graph-based Similarity Approach to Classify Recurrent Complex Motifs from their Context in RNA Structures. JOBIM 2021, Jul 2021, Institut Pasteur (Paris), France. pp.15. ⟨hal-04469623⟩