Bio-informatique

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Bio-informatique : 1 à 12 sur 73 au total

  • Poster de conférence

    George Marchment, Marie Schmit, Clémence Sebe, Frédéric Lemoine, Hervé Ménager, et al.. Representing bioinformatics Nextflow workflows in RO-Crate : challenges and opportunities. Semantic Web Applications and Tools for Health Care and Life Sciences, Feb 2024, Leiden, Netherlands. Zenodo, 2024, ⟨10.5281/zenodo.10822156⟩. ⟨hal-04540040⟩

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  • Communication dans un congrès

    Nesrine Bannour, Christophe Servan, Aurélie Névéol, Xavier Tannier. A Benchmark Evaluation of Clinical Named Entity Recognition in French. The 2024 Joint International Conference on Computational Linguistics, Language Resources and Evaluation (LREC-COLING 2024), May 2024, Torino, Italy. ⟨hal-04523267⟩

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  • Article dans une revue

    Clement Bernard, Guillaume Postic, Sahar Ghannay, Fariza Tahi. RNAdvisor: a comprehensive benchmarking tool for the measure and prediction of RNA structural model quality. Briefings in Bioinformatics, 2024, 25 (2), pp.bbae064. ⟨10.1093/bib/bbae064⟩. ⟨hal-04508073⟩

    STL

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  • Thèse

    Marine Djaffardjy. Pipelines d'Analyse Bioinformatiques : solutions offertes par les Systèmes de Workflows, Cadre de représentation et Étude de la Réutilisation. Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Paris-Saclay, 2023. Français. ⟨NNT : 2023UPASG059⟩. ⟨tel-04496191⟩

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  • Article dans une revue

    Maxime Mahout, Ross Carlson, Sabine Peres. Answer Set Programming for Computing Constraints-Based Elementary Flux Modes: Application to Escherichia coli Core Metabolism. Processes, 2020, 8 (12), ⟨10.3390/pr8121649⟩. ⟨hal-03209519⟩

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  • Poster de conférence

    Coline Gianfrotta, Vladimir Reinharz, Olivier Lespinet, Dominique Barth, Alain Denise. A graph-based approach to classify A-minor motifs in RNA structures according to their structural context. ISMB: Intelligent Systems for Molecular Biology, Jul 2020, Virtual conference (Covid), Canada. ⟨hal-04469616⟩

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  • Communication dans un congrès

    Alice Lacan, Michèle Sebag, Blaise Hanczar. GAN-based data augmentation for transcriptomics: survey and comparative assessment. 31st Intelligent Systems for Molecular Biology (ISMB 2023), Jul 2023, Lyon, France. pp.i111-i120, ⟨10.1093/bioinformatics/btad239⟩. ⟨hal-04431920⟩

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  • Thèse

    Marine Djaffardjy. Pipelines d'Analyse Bioinformatiques : solutions offertes par les Systèmes de Workflows, Cadre de représentation et Étude de la Réutilisation. Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Paris-Saclay (2020-..), 2023. Français. ⟨NNT : ⟩. ⟨tel-04467786⟩

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  • Thèse

    Alexandra Zaharia. Mining conserved neighborhood patterns in metabolic and genomic contexts. Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Paris Saclay (COmUE), 2018. English. ⟨NNT : 2018SACLS275⟩. ⟨tel-01933663v2⟩

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  • Poster de conférence

    Coline Gianfrotta, Vladimir Reinharz, Olivier Lespinet, Dominique Barth, Alain Denise. A graph-based approach to classify A-minor motifs in RNA structures according to their structural context. JOBIM 2020, Jun 2020, Montpellier, France. JOBIM 2020 Poster Proceedings, pp.34, 2020. ⟨hal-04469625⟩

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  • Communication dans un congrès

    Coline Gianfrotta, Vladimir Reinharz, Dominique Barth, Alain Denise. A Graph-based Similarity Approach to Classify Recurrent Complex Motifs from their Context in RNA Structures. JOBIM 2021, Jul 2021, Institut Pasteur (Paris), France. pp.15. ⟨hal-04469623⟩

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  • Thèse

    Coline Gianfrotta. Modélisation, analyse et classification de motifs structuraux d'ARN à partir de leur contexte, par des méthodes d'algorithmique de graphes. Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Paris-Saclay, 2022. Français. ⟨NNT : 2022UPASG056⟩. ⟨tel-03867018⟩

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