Communication dans un congrès
BIOINFO
Publications
La totalité des publications de l’équipe se trouve sur HAL : https://hal.universite-paris-saclay.fr/LISN-BIOINFO
Vous trouverez ci-dessous les derniers dépôts.
Dernières publications
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Article dans une revue
Maxime Mahout, Laurent Schwartz, Romain Attal, Ashraf Bakkar, Sabine Peres. Metabolic modelling links Warburg effect to collagen formation, angiogenesis and inflammation in the tumoral stroma. PLoS ONE, 2024, 19 (12), pp.e0313962. ⟨10.1371/journal.pone.0313962⟩. ⟨hal-04873696⟩
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Pré-publication, Document de travail
Dilek Koptekin, Ayça Aydoğan, Cansu Karamurat, N. Ezgi Altınışık, Kıvılcım Başak Vural, et al.. Out-of-Anatolia: cultural and genetic interactions during the Neolithic expansion in the Aegean. 2024. ⟨hal-04801125⟩
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Pré-publication, Document de travail
Antoine Szatkownik, Léo Planche, Maïwen Demeulle, Titouan Chambe, María Ávila-Arcos, et al.. Diffusion-based artificial genomes and their usefulness for local ancestry inference. 2024. ⟨hal-04801121⟩
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Pré-publication, Document de travail
Antoine Szatkownik, Cyril Furtlehner, Guillaume Charpiat, Burak Yelmen, Flora Jay. Latent generative modeling of long genetic sequences with GANs. 2024. ⟨hal-04801130⟩
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Pré-publication, Document de travail
Burak Yelmen, Maris Alver, Estonian Biobank Research Team, Flora Jay, Lili Milani. Interpreting artificial neural networks to detect genome-wide association signals for complex traits. 2024. ⟨hal-04801114⟩
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Pré-publication, Document de travail
Stéphanie Chevalier, Julia Becker, Yujuan Gui, Vincent Noël, Cui Su, et al.. Data-driven inference of Boolean networks from transcriptomes to predict cellular differentiation and reprogramming. 2024. ⟨hal-04753079⟩
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Article dans une revue
Maël Lefeuvre, Michael David Martin, Flora Jay, Marie-Claude Marsolier, Céline Bon. GRUPS-rs, a high-performance ancient DNA genetic relatedness estimation software relying on pedigree simulations. Human Population Genetics and Genomics, 2024, 4 (1), pp.0001. ⟨10.47248/hpgg2404010001⟩. ⟨hal-04709778⟩
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Communication dans un congrès
Carlos Cuevas Villarmin, Sarah Cohen-Boulakia, Nona Naderi. Reproducibility in Named Entity Recognition: A Case Study Analysis. 2024 IEEE 20th International Conference on e-Science (e-Science), Sep 2024, Osaka, Japan. ⟨10.1109/e-Science62913.2024.10678721⟩. ⟨hal-04706673⟩
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Communication dans un congrès
Léa Guyon, Jérémy Guez, Evelyne Heyer, Raphaëlle Chaix. Is the post-Neolithic Y chromosome bottleneck necessarily explained by violent competition between lineages?. Journées de la Société d’Anthropologie de Paris, Jan 2023, Paris, France. ⟨10.4000/bmsap.11136⟩. ⟨hal-04671432⟩
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Article dans une revue
George Marchment, Bryan Brancotte, Marie Schmit, Frédéric Lemoine, Sarah Cohen-Boulakia. BioFlow-Insight: facilitating reuse of Nextflow workflows with structure reconstruction and visualization. NAR Genomics and Bioinformatics, 2024, 6 (3), pp.lqae092. ⟨10.1093/nargab/lqae092⟩. ⟨pasteur-04670359⟩
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Communication dans un congrès
Stéphanie Chevalier, Déborah Boyenval, Gustavo Magaña-López, Théo Roncalli, Athénaïs Vaginay, et al.. BoNesis: a Python-based declarative environment for the verification, reprogramming, and synthesis of Most Permissive Boolean networks. CMSB 2024: 22nd International Conference on Computational Methods in Systems Biology, Sep 2024, Pisa, Italy. ⟨10.1007/978-3-031-71671-3_6⟩. ⟨hal-04629083⟩
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Communication dans un congrès
Clémence Sebe, Sarah Cohen-Boulakia, Olivier Ferret, Aurélie Névéol. Extraction d’entités nommées décrivant des chaînes de traitement bioinformatiques dans des articles scientifiques en anglais. 31ème Conférence sur le Traitement Automatique des Langues Naturelles (TALN 2024), Jul 2024, Toulouse, France. pp.422-434. ⟨hal-04623033⟩
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Article dans une revue
Julien Demiselle, Guillaume Duval, Jean-François Hamel, Anne Renault, Laëtitia Bodet-Contentin, et al.. Determinants of hospital and one-year mortality among older patients admitted to intensive care units: results from the multicentric SENIOREA cohort. Annals of Intensive Care, 2021, 11 (1), pp.35. ⟨10.1186/s13613-021-00804-w⟩. ⟨hal-04592566⟩
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Thèse
Jorgelindo da Veiga Moreira. Modélisation de la bascule métabolique chez les cellules eucaryotes : application à la production de citrate chez la levure Yarrowia lipolytica. Biotechnologie. Université Paris Saclay (COmUE), 2019. Français. ⟨NNT : 2019SACLX015⟩. ⟨tel-02320659⟩
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Thèse
Hugues Mandon. Algorithmes pour la prédiction de stratégies de reprogrammation cellulaire dans les réseaux Booléens.. Algorithme et structure de données [cs.DS]. Université Paris Saclay (COmUE), 2019. Français. ⟨NNT : 2019SACLN060⟩. ⟨tel-02513383v2⟩
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Thèse
Marine Djaffardjy. Pipelines d’Analyse Bioinformatiques : solutions offertes par les Systèmes de Workflows, Cadre de représentation et Étude de la Réutilisation. Bio-informatique [q-bio.QM]. Université Paris-Saclay, 2023. Français. ⟨NNT : 2023UPASG059⟩. ⟨tel-04496191⟩
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Thèse
Jérémy Guez. Cultural transmission of reproductive success: Causal mechanisms, genetic consequences, and machine-learning-based inference. Populations and Evolution [q-bio.PE]. Muséum national d’histoire naturelle, 2023. English. ⟨NNT : ⟩. ⟨tel-04482448⟩
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Poster de conférence
Coline Gianfrotta, Vladimir Reinharz, Olivier Lespinet, Dominique Barth, Alain Denise. A graph-based approach to classify A-minor motifs in RNA structures according to their structural context. ISMB: Intelligent Systems for Molecular Biology, Jul 2020, Virtual conference (Covid), Canada. ⟨10.7490/f1000research.1118288.1⟩. ⟨hal-04469616⟩
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Article dans une revue
Daniel Etiemble, Ramzi Jaber. Design of (3,2) and (4,2) CNTFET Ternary Counters for Multipliers. Asian Journal of Research in Computer Science, 2023, 16 (3), pp.103-118. ⟨10.9734/ajrcos/2023/v16i3349⟩. ⟨hal-04465608⟩
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Thèse
Alexandra Zaharia. Mining conserved neighborhood patterns in metabolic and genomic contexts. Bioinformatics [q-bio.QM]. Université Paris Saclay (COmUE), 2018. English. ⟨NNT : 2018SACLS275⟩. ⟨tel-01933663v2⟩
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Thèse
Karima Rafes. Le Linked Data à l’université : la plateforme LinkedWiki. Web. Université Paris Saclay (COmUE), 2019. Français. ⟨NNT : 2019SACLS032⟩. ⟨tel-02003672⟩
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Poster de conférence
Coline Gianfrotta, Vladimir Reinharz, Olivier Lespinet, Dominique Barth, Alain Denise. A graph-based approach to classify A-minor motifs in RNA structures according to their structural context. JOBIM 2020, Jun 2020, Montpellier, France. JOBIM 2020 Poster Proceedings, pp.34, 2020. ⟨hal-04469625⟩
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Thèse
Cecile Moulin. Analyse des voies métaboliques au cours du cycle cellulaire : application au métabolisme du cancer. Bio-Informatique, Biologie Systémique [q-bio.QM]. Université Paris-Saclay, 2020. Français. ⟨NNT : 2020UPASG022⟩. ⟨tel-03164566⟩
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Communication dans un congrès
Coline Gianfrotta, Vladimir Reinharz, Dominique Barth, Alain Denise. A Graph-based Similarity Approach to Classify Recurrent Complex Motifs from their Context in RNA Structures. JOBIM 2021, Jul 2021, Institut Pasteur (Paris), France. pp.15. ⟨hal-04469623⟩